This disclosure relates to systems and methods that identify, predict, and rank immunogenic T-cell epitopes. In particular, this disclosure identifies epitopes that arose from disease-associated mutations, wherein the epitopes are predicted to elicit immune response from T cells. Specifically, this disclosure simultaneously considers peptide-level information, including MHC Class I and II presentation, helper and cytotoxic T cell response and sample-level information, including mutation clonality and MHC allele dosage. In some embodiment, the systems and methods are used for personalized treatment of cancers.La présente divulgation concerne des systèmes et des procédés qui identifient, prédisent et classent des épitopes T immunogènes. En particulier, la présente divulgation identifie des épitopes qui sont issus de mutations associées à une maladie, où ces épitopes devraient susciter une réponse immunitaire à médiation cellulaire T. Plus spécifiquement, la présente divulgation considère simultanément les informations au niveau peptide, dont la présentation du CMH de classe I et II, la réponse des lymphocytes T cytotoxiques et auxiliaires et les informations au niveau échantillon, dont la clonalité par mutation et le dosage des allèles du CMH. Dans certains modes de réalisation, les systèmes et les procédés sont utilisés pour le traitement personnalisé des cancers.
