本发明提供一种猪α干扰素及其应用,依据大肠杆菌原核表达系统密码子的偏嗜性,选择高表达密码子设计合成一种猪α干扰素,其氨基酸序列序列如SEQ ID NO.1所示,编码其的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明制备猪α干扰素的方法简单,成本低,易于工业化生产,猪α干扰素表达量高,包涵体处理过程中变性彻底,复性蛋白得率高,本发明制得的猪α干扰素效价高,能够抑制100TCID50的水泡性口炎病毒,比活性高达108,具有较好的生物学活性功能,可用于制备预防和治疗猪的病毒感染类疾病和增强免疫功能的药物,具备广阔的市场应用前景。