PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an endoscope system which appropriately reduces time for positioning when necessity arises and achieves both frame rate and accuracy, such as emphases of tissues to pay attention, in emphasizing the tissues or the like to pay attention to by using a plurality of images obtained by photographing an object to be observed at different timing, a processor device, and a method for operating the endoscope system.SOLUTION: An endoscope system 10 includes: an image acquisition part 54 which acquires a first image obtained by using first illumination light to photograph an object to be observed and acquires a second image obtained by using second illumination light different from the first illumination light to photograph the object to be observed at timing different from the first image a positioning part 71 positioning the first image and the second image and an accuracy change part 72 which changes positioning accuracy according to an attention structure to pay attention at least in the object to be observed.SELECTED DRAWING: Figure 3COPYRIGHT: (C)2017,JPO&INPIT【課題】異なるタイミングにおいて観察対象を撮影して得た複数の画像を用いて注目する組織等の強調等をする際に、位置合わせにかかる時間を必要に応じて適切に削減し、フレームレートと、注目する組織等の強調等の正確性を両立した内視鏡システム、プロセッサ装置、及び、内視鏡システムの作動方法を提供する。【解決手段】内視鏡システム10は、第1照明光を用いて観察対象を撮影して得る第1画像と、第1照明光とは異なる第2照明光を用いて、第1画像とは異なるタイミングにおいて観察対象を撮影して得る第2画像とを取得する画像取得部54と、第1画像と第2画像の位置合わせを行う位置合わせ部71と、少なくとも観察対象のなかで注目する注目構造にしたがって、位置合わせの精度を変更する精度変更部72と、を備える。【選択図】図3