本发明公开了大豆蛋白GmVPS9a1在调控植物贮藏蛋白分选中的应用。本发明所提供的GmVPS9a1为:B1)氨基酸序列为SEQ ID No.1的蛋白质;B2)氨基酸序列为SEQID No.1的第1-467位的蛋白质;B3)在SEQ ID No.1或SEQ ID No.1的第1-467位氨基酸序列中经过取代和/或缺失和/或添加一个或几个氨基酸残基得到的具有相同功能的由B1)或B2)衍生的蛋白质;B4)在B1)或B2)或B3)的N端或/和C端连接标签得到的融合蛋白质。实验证明,本发明的植物贮藏蛋白分选相关蛋白影响植物中贮藏蛋白的分选,可以用于培育贮藏蛋白分选正常的转基因植物。