Described is a system for affecting intestinal microbial flora. The system includes an intestinal sleeve that is implanted in a patient and bypasses a section of the intestine and probiotics, prebiotics or pharmacologic therapy used in combination with the intestinal sleeve. Also described are related methods. This invention relates to implants that are placed within gastrointestinal organs including in the distal portion of the stomach and the small intestine. In particular, it relates to an implant system and method that can be placed by endoscopic means, in order to reduce colonization of the intestines by certain bacteria and treat chronic diseases.La présente invention concerne un système pour modifier la flore microbienne intestinale. Le système comprend un manchon intestinal qui est implanté chez un patient et contourne une section de lintestin et des probiotiques, des prébiotiques ou un traitement pharmacologique utilisés en association avec le manchon intestinal. La présente invention concerne également des procédés apparentés. La présente invention concerne des implants qui sont placés dans des organes gastro-intestinaux, dont la partie distale de lestomac et de lintestin grêle. En particulier, elle concerne un système et un procédé dimplant qui peut être placé par un moyen endoscopique afin de réduire la colonisation des intestins par certaines bactéries et de traiter des maladies chroniques.