本发明公开了一种调控银杏类黄酮合成的关键基因GbMYB11及其表达的蛋白、载体和应用,所述关键基因GbMYB11其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其表达的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明以银杏叶片为材料,克隆了GbMYB11基因,通过酶切连接构建含基因GbMYB11的过量表达载体35S::GbMYB11并转入银杏愈伤组织以及拟南芥中,GbMYB11转基因银杏愈伤组织和转基因拟南芥中类黄酮的含量均明显升高。这表明GbMYB11能够促进类黄酮的合成,因此调控GbMYB11的表达在提高银杏叶片药用品质等方面具有重要的应用价值。