本发明公开了一种调控银杏类黄酮合成的关键基因GbMYB4及其表达的蛋白、载体和应用,所述关键基因GbMYB4其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其表达的蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明以银杏叶片为材料,克隆了GbMYB4基因,构建含基因GbMYB4的过量表达载体并转入银杏愈伤组织以及拟南芥中,本发明GbMYB4转基因银杏愈伤组织和转基因拟南芥中类黄酮的含量均显著降低,这表明GbMYB4能够抑制类黄酮的合成,对类黄酮进行负调控作用,可以与类黄酮合成的促进类基因相互配合有效控制如银杏类黄酮的合成量,因此调控GbMYB4的表达在提高银杏叶片药用品质等方面具有重要的应用价值。