PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an image processing apparatus, a medical treatment system, and an image processing method capable of highly accurately determining a point indicating a position within a target displayed in a display image using a low-resolution display image.SOLUTION: An image processing apparatus includes a first acquisition unit, a second acquisition unit, a first image generation unit, a first point acquisition unit and a first correction unit. The first acquisition unit acquires a first transparent image. The second acquisition unit acquires a second transparent image. The first image generation unit generates a first display image from the first transparent image, and generates a second display image from the second transparent image. The first point acquisition unit acquires a first indication point indicated on the first display image, and acquires a first corresponding point on the second display image. The first correction unit searches an image similar to an image including a position corresponding to the first indication point on the first transparent image, on the second transparent image, and corrects a position corresponding to the first corresponding point on the second transparent image to a position of the image similar to the image including the position corresponding to the first indication point on the first transparent image.COPYRIGHT: (C)2015,JPO&INPIT【課題】表示画像に表示されている対象の内部の位置を示す点を、分解能が低い表示画像を用いて高精度に定める画像処理装置、治療システム及び画像処理方法を提供する。【解決手段】画像処理装置は、第1取得部と第2取得部と第1画像生成部と第1点取得部と第1修正部とを備える。第1取得部は第1透視画像を取得する。第2取得部は第2透視画像を取得する。第1画像生成部は、第1表示画像を第1透視画像から生成し第2表示画像を第2透視画像から生成する。第1点取得部は、第1表示画像上に指示された第1指示点を取得し、第2表示画像上で第1対応点を取得する。第1修正部は、第1透視画像上で第1指示点に対応する位置を含む画像に類似する画像を第2透視画像上で探索し、第1透視画像上で第1指示点に対応する位置を含む画像に類似する画像の位置に第2透視画像上で第1対応点に対応する位置を修正する。【選択図】図1