本发明公开了水稻斑马叶突变基因ZEBRA15及其编码的蛋白和应用,水稻斑马叶突变基因ZEBRA15的核苷酸序列如SEQ ID No.12所示,氨基酸序列如SEQ ID No.13所示,与野生型相比水稻斑马叶突变基因ZEBRA15在第3个外显子上第64碱基由G转换为A,并导致第22位的编码氨基酸由甘氨酸变异为天冬氨酸,该基因突变后的水稻zebra15突变体在苗期至分蘖期间,当出现气温在短时期内骤降骤升时,植株的叶片表现是斑马叶性状,通过杂交发现该性状为隐性性状,因此能够利用此性状选育新品种和种子纯度鉴定,对水稻的遗传育种具有重要意义。