本发明公开了一种玉米黄绿叶突变基因ygl-1,如SEQ ID NO.1所示,其编码的蛋白质如SEQ ID NO.2所示。用于扩增玉米黄绿叶突变基因ygl-1的引物,如SEQ ID NO.4、5所示。本发明的玉米黄绿叶突变基因ygl-1,首次在玉米中发现,可以用于玉米良种选育和杂交育种,可以作为分子标记用于种质资源鉴定,选择含有玉米黄绿叶突变基因ygl-1的种质材料或转育后代,利用该标记可以对回交转育后代的基因型进行准确选择,同时该标记还可用于对玉米种质资源进行筛查,以寻找遗传背景更加丰富的突变体材料,对改良杂交种制种纯度控制效果具有重要的应用价值。