A method for inactivating an MHC gene, wherein a zinc finger nuclease (ZFN) comprising a zinc finger protein and a cleavage domain or cleavage half-domain is used under conditions capable of maintaining cell viability. As well as compositions. Also provided are polynucleotides encoding ZFNs, vectors containing polynucleotides encoding ZFNs and cells containing polynucleotides encoding ZFNs and / or cells containing ZFNs.本明細書で、ジンクフィンガータンパク質と切断ドメインまたは切断半ドメインとを含むジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)を、細胞生存率を保つことができる条件下で使用する、MHC遺伝子を不活性化するための方法ならびに組成物が開示される。ZFNをコードするポリヌクレオチド、ZFNをコードするポリヌクレオチドを含むベクターおよびZFNをコードするポリヌクレオチドを含む細胞ならびに/またはZFNを含む細胞も提供される。