本发明公开一种同时敲除KRAS基因和EGFR基因的CRISPR‑Cas9系统,包括特异性靶向KRAS基因的sgRNA,对应的DNA序列如SEQ ID NO.1或/和SEQ ID NO.2所示,和特异性靶向EGFR基因的sgRNA,对应的DNA序列如SEQ ID NO.11或/和SEQ ID NO.12所示。本发明还公开了其在制备治疗癌症药物中的应用。本发明CRISPR‑Cas9系统可同时高效敲除在肺癌中高度表达的两个癌症驱动因子KRAS及EGFR,该系统操作简单,敲除效率高,有望在肺癌的治疗中得到应用。本发明系统适用于EGFR和KRAS异常表达的多种癌症。