本发明提供青霉素酰化酶、其高产菌株及应用,属于生物制药领域。菌株为木糖氧化无色杆菌(Achromobacter xylosoxidans)K18,保藏号为CCTCCN O:M2012541。通过发酵菌株K18,得到青霉素酰化酶。所述青霉素酰化酶,氨基酸序列如SEQ ID NO:2,基因序列如SEQ ID NO:1。本发明还提供青霉素酰化酶在合成β-内酰胺类抗生素中的应用。菌株K18是青霉素酰化酶的高产菌,以含有诱导剂的培养基进行发酵时,青霉素酰化酶的产量可达200U/L以上。菌株K18所产青霉素酰化酶耐高温、在酸性环境下能保持较高活力、底物特异性较高、有机溶剂耐受性强等优点。