The present invention provides a method for identifying biomarkers and generating an output indicative of disease. The method for identifying biomarkers comprises the steps of collecting a breath sample from subjects known to have a disease and subjects known to be free of the disease analyzing the collected breath samples to determine all mass ions in each of the collected breath samples using at least one time-resolved separation technique and at least one mass-resolved separation technique identifying a subset of the determined mass ions in a processor as the biomarkers for detecting the disease, the subset of the determined mass ions are statistically significant for detecting the disease and combining the subset of the determined mass ions in a multivariate algorithm in the processor to generate a value of a discriminant function indicating the likelihood that the subject has the disease.La présente invention concerne un procédé didentification de biomarqueurs et de génération dune sortie indiquant une maladie. Le procédé didentification de biomarqueurs comprend les étapes qui consistent à collecter un échantillon dhaleine auprès de sujets connus pour avoir une maladie et de sujets connus pour être exempts de la maladie à analyser les échantillons dhaleine collectés pour déterminer tous les ions positifs dans chacun des échantillons dhaleine collectés à laide dau moins une technique de séparation à résolution temporelle et dau moins une technique de séparation à résolution en masse à identifier un sous-ensemble des ions positifs déterminés dans un processeur en tant que biomarqueurs pour détecter la maladie, le sous-ensemble des ions positifs déterminés étant statistiquement significatif pour la détection de la maladie et à combiner le sous-ensemble des ions positifs déterminés dans un algorithme à plusieurs variables dans le processeur pour générer une valeur dune fonction discriminante indiquant la probabilité que le sujet présente la maladie.