The present invention relates to a composition for controlling harmful algae having a naphthoquinone derivative, and a method for controlling harmful algae using the same. According to the present invention, the composition for controlling harmful algae can selectively control only harmful algae which have undergone abnormal growth in a pond, a reservoir, a lake, a stream or a river, and so on, thereby preventing harmful algae from occurring in fresh water or seawater, and preventing water pollution.COPYRIGHT KIPO 2017본 발명은 나프토퀴톤 유도체를 포함하는 유해조류 제어용 조성물 및 이를 이용하여 유해조류를 제어하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 유해조류 제어용 조성물은 연못, 저수지, 호수, 호소, 하천 또는 강 등에서 이상 증식이 발생한 유해조류만을 선택적으로 제어가능하므로, 담수 또는 해수에서 발생하는 유해조류 대발생을 예방하고 수질오염을 방지하는데 매우 유용하게 사용될 수 있다.