本发明公开了属于作物分子标记辅助选择领域的一种用于鉴定籼稻品种间杂种弱势基因的分子标记，该分子标记由SEQ ID No:1所示的核苷酸序列组成。本发明还公开了用于扩增该分子标记的引物对和试剂盒。以及利用该分子标记快速鉴定籼稻品种间杂种弱势基因材料的方法。本发明分子标记与杂种弱势基因Hw3连锁紧密，为快速准确鉴定杂种弱基因Hw3的存在与否提供了有力工具；其次，本发明分子标记为共显性分子标记，可以直接对杂种弱势基因的基因型进行鉴定，准确性高，可靠性强；此外，本发明分子标记不受时间和环境条件限制，可以在早期对Hw3基因进行鉴定；还有本发明鉴定方法简单，可以对材料进行大规模鉴定，省时省力，成本低。
