本发明公开了一种棘阿米巴特异性抗原肽、多克隆抗体及其用途,所述特异性抗原肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:9所示。本发明通过棘阿米巴感染兔血清对棘阿米巴原虫滋养体全长cDNA文库进行免疫学筛选,获得了高反应原性的抗原基因,进一步对筛选出的抗原基因进行原核表达和免疫原性鉴定,筛选的抗原肽免疫动物能够显著局部特异性SIgA、IgG和IgA的水平,对实验动物具有有效的抗感染保护性,该抗原肽对动物和人的棘阿米巴角膜炎的预防具有重要意义。同时由该抗原肽免疫动物制备得到的多克隆抗体具有特异性强、纯度高的特点,可用于棘阿米巴角膜炎的临床诊断。本发明提供的抗原肽可用于制备预防或治疗棘阿米巴角膜炎药物中。