本发明公开了一种水稻叶绿体核糖体蛋白及其编码基因和应用,所述蛋白具有如SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列,所述编码基因的DNA序列如SEQ ID NO.2所示,全长3963bp,CDS序列如SEQ ID NO.3所示。经基因预测和功能鉴定发现,该蛋白为叶绿体核糖体小亚基蛋白S1,将该蛋白的编码基因导入叶绿体发育异常的突变体植株中,可以培育成含正常色素且发育正常的植株,而它的缺失突变可导致水稻幼苗白化致死。该蛋白及其编码基因的发现对研究植物生长、发育、遗传及光合作用具有重要意义,为进一步利用基因工程手段培育高光效的作物品种提供潜在的应用价值。