The present invention relates to a diagnostic method of an autoimmune disease, and more particularly, to a diagnostic method comprising a step of measuring the relative abundance of bacteria contained in a fecal sample collected from a subject and the following steps (1) or (2).(1) if the base sequence of the 16S ribosomal RNA gene is greater than 99% or more of the base sequence identified in sequence number 3 or 4, the subject is self exempted compared to the relative abundance in the healthy subject It is judged that there is a high risk of disease or disease.(2) if the base sequence of the 16S ribosomal RNA gene is less than 99% relative to one of the base sequences identified in sequence numbers 5 to 23, the relative abundance of bacteria in the healthy population is less than that relative to the healthy relative The examiner determines that there is a high risk of suffering or suffering from autoimmune disease.本発明は、自己免疫疾患の診断方法であって、被験者から採取された糞便試料に含まれる細菌の相対存在量を測定するステップと、以下の(1)又は(2)を実施するステップと、を備える、診断方法に関する。(1)16SリボソームRNA遺伝子の塩基配列が、配列番号3又は4で特定される塩基配列と99%以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して多い場合、前記被験者は自己免疫疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。(2)16SリボソームRNA遺伝子の塩基配列が、配列番号5~23で特定される塩基配列のいずれかと99%以上の同一性を有する細菌の相対存在量が、健常人における当該相対存在量に比較して少ない場合、前記被験者は自己免疫疾患に罹患している、又は罹患する危険性が高いと判定する。
