Disclosed are a fluorescence endoscopic imaging method and system. The fluorescence endoscopic imaging method comprises the following steps: generating excitation light (S101) dividing the excitation light into multiple sub-beams, the multiple sub-beams correspond to multiple sub-regions of a sample 12, and fluorescent material is distributed in the sample (S102) adjusting the multiple sub-beams so that each sub-beam is transmitted to the inside of the organism and focused on the sub-regions of the sample 12 (S103) scanning the sample 12 using the multiple sub-beams so that the fluorescent material in each sub-region emits fluorescent light (S104) and collecting the emitted fluorescent light in real time during scanning to generate a fluorescent image (S105). The fluorescence endoscopic imaging method and system perform two-dimensional scan on the sample 12 with multiple sub-beams, thereby obtain the fluorescent image of the entire sample 12, and have the advantages of shorter time, quick and less damages to the organism.La présente invention concerne un procédé et un système dimagerie endoscopique par fluorescence. Ledit procédé dimagerie endoscopique par fluorescence comprend les étapes suivantes : production dune lumière dexcitation (S101) division de ladite lumière dexcitation en de multiples sous-faisceaux, lesdits multiples sous-faisceaux correspondant à de multiples sous-régions dun échantillon (12), une substance fluorescente étant répartie dans léchantillon (S102) réglage des multiples sous-faisceaux de manière à ce que chaque sous-faisceau soit transmis à lintérieur de lorganisme et concentré sur les sous-régions de léchantillon (12) (S103) examen par balayage de léchantillon (12) au moyen des multiples sous-faisceaux, de manière à ce que la substance fluorescente dans chaque sous-région émette de la lumière fluorescente (S104) et recueil en temps réel de la lumière fluorescente émise, durant lexamen par balayage, pour produire une image fluorescente (
