The present invention relates to a microcapsule for oral delivery of active ingredients using natural polymers comprising the steps of: (a) preparing an electrospraying solution by dissolving the natural polymers (b) adding active ingredients to the electrospraying solution (c) forming microcapsules by electrospraying when the electrospraying solution with the active ingredients receives voltages and (d) coating the surface of the microcapsules with a coating solution in which polymethyl methacrylate is dissolved in a solvent.본 발명은 (a) 천연 고분자를 용매에 용해시켜 전기분무 용액을 준비하는 단계 (b) 상기 전기분무 용액에 유효물질을 첨가하는 단계 (c) 상기 유효물질이 첨가된 전기분무 용액을 전압을 인가한 상태에서 전기분사시켜 마이크로 캡슐을 형성하는 단계 및 (d) 상기 마이크로 캡슐 표면을 폴리메틸메타 아크릴레이트를 용매에 용해시킨 코팅 용액으로 코팅하는 단계를 포함하는 유효 물질의 경구 전달용 마이크로 캡슐 제조 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 천연 고분자를 이용한 유효 물질의 경구 전달용 마이크로 캡슐 제조 방법에 따르면, 알긴산, 카르복시메틸 셀루로오스, 카르복시메틸 키틴, 카르복시메틸 키토산, 글라이코 키토산, 젤라틴, 피브린 및 이들의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 천연 고분자와 방사선에 의해 손상된 조직의 재생을 유도할 수 있는 기능성 단백질(또는 항암물질)을 혼합하여 전기분무법을 통해 마이크로 캡슐 제조 후 EUDRAGIT 코팅한 강화형 마이크로캡슐을 제조할 수 있는바, 제조 조건에 따라 다양한 직경을 가지는 마이크로 캡슐을 제조할 수 있을 뿐만 아니라, 단시간에 이루어지는 공정이므로 내부에 함유한 기능성 단백질 및/또는 항암물질 등의 유효물질의 활성유지에도 큰 장점이 있다.또한, 제조된 천연고분자 마이크로캡슐은 경구투여시 위/장관의 혹독한 환경에서 내부 기능성단백질(또는 항암물질)의 활성을 유지시킬 수 있으며, 손상된 장조직의 치유를 유도할 수 있고, 이로 인해 질병의 진단 및 치료 목적에 따라 다양한 조성의 기능성 단백질 이외에도 세포, 약물, 항암제, 조영제 등을 장 내에 전달하는 것이 가능하다.