本发明提供了一种大菱鲆来源的杀鱼爱德华氏菌及其应用;所述大菱鲆来源的杀鱼爱德华氏菌为杀鱼爱德华氏菌H4‑S18株,其基因序列如SEQ ID No.1、SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示,所述杀鱼爱德华氏菌H4‑S18株并以保藏号为CCTCC NO:M 2020450被保藏。本发明还涉及所述的大菱鲆来源的杀鱼爱德华氏菌在制备疫苗中的应用。本发明所提供的杀鱼爱德华氏菌是从发病的大菱鲆中筛选获得的,是国内首次筛选携带耐药基因的大菱鲆源杀鱼爱德华氏菌,并且首次应用携带耐药基因的大菱鲆源杀鱼爱德华氏菌制备疫苗,从而有效提高大菱鲆对耐药杀鱼爱德华氏菌的免疫保护率。