本发明“黄瓜果实多刺基因ns的Indel标记及其应用”,涉及生物技术辅助育种领域。本发明公开了与黄瓜果实多刺基因ns连锁的Indel标记,其特征在于:Indelns24-F/Indelns24-R:TTTGAATGGCAGAAGAGAGT/TCCCTCTTTATTTGTGAACC。所述Indel标记扩增的与黄瓜果实多刺基因ns连锁的特征条带为216bp,核苷酸序列如Seq ID No.1;所述Indel标记扩增的与黄瓜果实少刺基因Ns连锁的特征条带为219bp,核苷酸序列如Seq ID No.2所示;采用本发明获得的Indel标记,可以在黄瓜候选材料的任何阶段对其进行果实多刺材料的筛选,具有高效、限制少的优点,为选育多刺黄瓜提高了选择效率,缩短了育种周期。