The present invention discloses a method of applying non-genetic material to perform site-specific modification of plant genome. The method comprises: introducing a non-genetic material into the cell or tissue or plant part of the subject plant, wherein the non-genetic material is a nuclease specific for the targeting moiety or expresses the nuclease wherein the nuclease is a TALEN nuclease, a zinc finger nuclease (ZFN), a regularly spaced clustered clustered short palindromic repeats (CRISPR / Cas9) nuclease, or genomic editing It is any nuclease that can be realized. The nuclease serves to cleave the target moiety and then the site-specific modification of the target moiety is completed by DNA repair of the plant.本発明は、植物ゲノムの部位特異的改変の実施に非遺伝物質を適用する方法を開示する。本方法は以下:対象植物の細胞または組織または植物部分に非遺伝物質を導入するステップを含み、その際、前記非遺伝物質は標的部分に特異的なヌクレアーゼであるか、または前記ヌクレアーゼを発現するmRNAであり、前記ヌクレアーゼは、TALENヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats、CRISPR/Cas9)ヌクレアーゼ、またはゲノム編集を実現しうるあらゆるヌクレアーゼである。前記ヌクレアーゼは前記標的部分を切断する役割を果たし、次いで前記植物のDNA修復により該標的部分の部位特異的改変が完了される。