本发明公开了一种与中山杉根发育相关的ThHAM1基因及其应用,属于植物基因工程技术领域。所述的ThHAM1基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其表达蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明通过构建基因GbF3′H1载体转化山杨新,与对照植株相比,ThHAM1基因在山新杨中高效表达,并伴随着表型出现变异,植株生长速度减慢,以根部最为明显,不定根数量减少,长度变短,目的基因的表达量上升200‑500倍,说明ThHAM1基因是调控植物根发育和影响植物形态的重要基因,在林木基因工程领域有重要的应用价值,可以用于调整植物生长发育速度或植物形态。