本发明属于分子遗传育种技术领域,具体涉及一种芝麻花序有限基因Sidt1及其SNP标记SiDt27-1。芝麻花序有限基因Sidt1有1809bp,包含4个外显子和3个内含子,位于芝麻第4条染色体上,在芝麻SNP遗传图谱中的位置为第8连锁群,18.0-19.2cM,对花序有限性状的解释率为100%(Vg/Vp);其DNA序列如SEQ ID NO.1所示。SNP分子标记SiDt27-1有92bp,为花序有限基因Sidt1中第378至469处碱基序列。本发明为分析芝麻等农作物花发育机理提供了遗传信息;为建立芝麻分子辅助育种技术提供了重要分子标记,为筛选花序有限的芝麻新品种提供了快速检测方法。