本发明公开一种紫花苜蓿Na+/H+逆向转运蛋白及其编码基因与应用。本发明所提供的紫花苜蓿Na+/H+逆向转运蛋白,是具有序列表中SEQ ID №:2氨基酸残基序列的蛋白质,或者是将SEQ ID №:2的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №:2的氨基酸残基序列相同活性的由SEQ ID №:2衍生的蛋白质。紫花苜蓿Na+/H+逆向转运蛋白的编码基因,是下列核苷酸序列之一:1)序列表中的SEQ ID №:1;2)编码序列表中SEQ ID №:2蛋白质序列的多核苷酸;3)与序列表中的SEQ ID №:1限定的DNA序列具有90%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA序列。本发明的基因将在苜蓿耐盐分子机制研究、豆科植物耐盐性状改良中发挥重要作用。