本发明公开了一种定向生产抗病毒和抗菌活性化合物的基因工程菌株及其应用。是链霉菌Streptomyces sp.SCSIO 01680基因组中的pak13基因、pak15基因、pak20基因、pak31基因或Pak38基因单独敲除后获得的基因工程菌株,所述的pak13基因、pak15基因、pak20基因、pak31基因和pak38基因的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5所示。本发明提供的可定向生产抗病毒和抗菌活性聚醚类化合物的基因工程菌株,可为抗病毒药物和抗菌药物的筛选提供化学实体,同时,对开发中国海洋药物资源也具有重要意义。