The present invention is to provide an in-vivo analysis method of brain circuits. The method disclosed in the present invention uses an optical genetic technique to stimulate a first region in an individual's brain while scanning the other region of the brain with a functional magnetic resonance imaging (fMRI) And determining a dynamic functional connection between each neuron of the plurality of neurons. Further, the method includes identifying a third region of the brain having a neuron in which the dynamic functional connection of the first region and the second region intervenes.본 발명은 뇌 회로의 체내 분석법을 제공하기 위한 것이다. 본 발명에서 개시하는 분석법은 광유전학 수법을 이용하여 임의의 개체의 뇌에 있어서 제 1영역을 자극하는 한편 뇌의 그 외 영역을 기능적 자기공명영상(fMRI)으로 스캔하여 제 1영역과 제 2영역의 각 뉴런 사이의 동적 기능연결을 판정하는 단계를 포함한다. 나아가 해당 분석법은 제 1영역과 제 2영역의 동적 기능연결이 개재하는 뉴런을 가지는 뇌의 제 3영역을 식별하는 단계를 포함한다.