Certain aspects relate to systems and techniques for aligning inputs on medical instruments. In one aspect, the method includes receiving, at a data reader of the instrument drive mechanism, alignment data from the tool when the tool is positioned within a threshold distance of the data reader. The tool include one or more inputs and one or more pull wires configured to be actuated by output shafts of the instrument drive mechanism via the one or more inputs. The method also includes receiving, at a processor, the alignment data from the data reader, and rotating, via the processor, the one or more output shafts of the instrument drive mechanism into alignment with the one or more inputs of the tool based on the alignment data. Each of the output shafts is configured to mechanically couple with a corresponding one of the inputs of the tool.Selon certains aspects, l'invention concerne des systèmes et des techniques pour aligner des entrées sur des instruments médicaux. Selon un aspect, le procédé consiste à recevoir, au niveau d'un lecteur de données du mécanisme d'entraînement d'instrument, des données d'alignement provenant de l'outil lorsque l'outil est positionné à l'intérieur d'une distance seuil du lecteur de données. L'outil comprend une ou plusieurs entrées et un ou plusieurs fils de traction configurés pour être actionnés par des arbres de sortie du mécanisme d'entraînement d'instrument par l'intermédiaire de l'au moins une entrée. Le procédé comprend également la réception, au niveau d'un processeur, des données d'alignement provenant du lecteur de données, et la rotation, par l'intermédiaire du processeur, de l'au moins un arbre de sortie du mécanisme d'entraînement d'instrument en alignement avec l'au moins une entrée de l'outil sur la base des données d'alignement. Chacun des arbres de sortie est configuré pour se coupler mécaniquement à une entrée correspondante parmi les entrées de l'outil.