本发明“黄瓜果实栅栏状表皮细胞基因Pe的Indel标记及其应用”,涉及生物技术辅助育种领域。黄瓜栅栏状表皮细胞基因Pe紧密连锁的Indel标记,其中所述标记引物的核苷酸序列为:Indelpe02‑F/Indelpe02‑R:TCTCCTCCTATACATTCTCA/GAAGATTATGAGGATGAGAG;所述Indel标记扩增的与黄瓜栅栏状表皮细胞基因Pe连锁的特征条带为125bp,核苷酸序列见Seq ID No.1;所述Indel标记扩增的与黄瓜扁平状表皮细胞基因pe连锁的特征条带为130bp,核苷酸序列见Seq ID No.2;采用本发明获得的Indel标记,可以在黄瓜候选材料的任何阶段判断其表皮细胞结构为栅栏状还是扁平状,该标记具有高效、限制少的优点,对选育果实具有栅栏状表皮细胞的加工型黄瓜材料提高了效率,缩短了育种周期。