A mixed mode chromatography method for separating correctly folded from incorrectly folded conformations of a given protein is provided. The method is highly effective in separating correctly folded etanercept from incorrectly folded etanercept and aggregates in commercially attractive yields capable of affording etanercept preparations having very high purity in terms of correctly folded etanercept versus incorrectly folded etanercept. The invention is further directed to protein preparations and formulations comprising correctly folded proteins obtained using the present methods, and methods of treatment using the high purity preparations obtained from the mixed mode method.La présente invention concerne une méthode de chromatographie de type mixte destinée à séparer des conformations correctement repliées de conformations mal repliées d'une protéine donnée. Ladite méthode présente une efficacité élevée dans la séparation de l'étanercept correctement replié, de l'étanercept mal replié et des agrégats, avec des rendements commercialement attractifs, et permet d'obtenir des préparations d'étanercept de pureté très élevée considérant la proportion d'étanercept correctement replié par rapport à l'étanercept mal replié. L'invention concerne en outre des préparations et des formulations de protéines comprenant des protéines correctement repliées obtenues par le biais des méthodes de l'invention, et des méthodes de traitement utilisant les préparations de pureté élevée obtenues à partir de la méthode de type mixte.