There is provided a mixed mode chromatography method for separating a correctly folded form from an incorrectly folded form of a given protein. The method is particularly advantageous for separating incorrectly folded etanercepts and incorrectly folded etanercepts from the agglomerates at a commercially attractive yield that can provide an etanercept formulation with a very high purity in terms of accurately folded etanercepts compared to incorrectly folded etanercepts effective. The invention also relates to protein preparations and formulations comprising accurately folded proteins obtained using the methods of the invention, and to methods of treatment using high purity formulations obtained from the mixed mode method.소정의 단백질의 부정확하게 폴딩된 형태로부터 정확하게 폴딩된 형태를 분리하기 위한 혼합 모드 크로마토그래피 방법이 제공되어 있다. 상기 방법은, 부정확하게 폴딩된 에타너셉트에 비해 정확하게 폴딩된 에타너셉트 측면에서 매우 높은 순도를 갖는 에타너셉트 제제를 제공할 수 있는 상업적으로 매력적인 수율로 부정확하게 폴딩된 에타너셉트 및 응집물로부터 정확하게 폴딩된 에타너셉트를 분리하는데 매우 효과적이다. 본 발명은 또한, 본 발명의 방법을 사용하여 수득된 정확하게 폴딩된 단백질을 포함하는 단백질 제제 및 제형, 및 혼합 모드 방법으로부터 수득된 고순도 제제를 사용하는 치료방법에 관한 것이다.