Problem to be solved: to provide a method for searching a cell membrane permeable natural peptide capable of searching for a natural peptide having permeability to a cell membrane by molecular simulation using a computer.Based on molecular dynamics calculations on natural peptides having at least two basic residuesIn the first basic residue of natural peptidesA first vector leading to carbon that has a functional group of side chain ends or bonds from the C α carbon forming the main chain of the natural peptideIn the second basic residue of natural peptidesA second vector leading to the carbon of the side chain end group or the carbon that forms the main chain of the natural peptide or the binding group of the side chainAndThe angle between the first and second vectors is less thanIn the present invention, the distance between the tip of the first vector and the tip of the second vector is greater than or equal to 1.0 nm and less than 2.5It is a search method of the cell membrane permeable natural peptide.Diagram【課題】コンピュータを用いた分子シミュレーションにより、細胞膜に対する透過性を有する天然ペプチドを探索可能な細胞膜透過性天然ペプチドの探索方法の提供。【解決手段】塩基性残基を少なくとも２つ有する天然ペプチドについての分子動力学計算に基づき、天然ペプチドの第一の塩基性残基における、天然ペプチドの主鎖を形成するＣα炭素から側鎖末端の官能基が有する又は結合する炭素に向かう第一のベクトルと、天然ペプチドの第二の塩基性残基における、天然ペプチドの主鎖を形成するＣα炭素から側鎖末端の官能基が有する又は結合する炭素に向かう第二のベクトルと、を算出し、第一のベクトルと第二のベクトルとのなす角度が３０°以下であり、かつ第一のベクトルの先端と第二のベクトルの先端との距離が１．０ｎｍ以上２．５ｎｍ以下であるものの存在確率が５．０％以上であるものを特定する、ことを含む細胞膜透過性天然ペプチドの探索方法である。【選択図】図４
