PURPOSE: A seed disinfection device and a method thereof are provided to remove the differences in local temperature inside a disinfection tank and to disinfect the inside of the disinfection tank at the temperature constantly maintained all the time. CONSTITUTION: A seed disinfection device includes a disinfection tank(10) wherein warm water of seed disinfection is filled and an outlet is formed on the lower end of one side; a box storing a burlap bag of seed for disinfection; a containing frame(20) for containing the box; and a lift device lifting the containing frame up and down; a warm water supply unit for the supply and circulation of warm water in the disinfection tank; and a control unit(40) automatically controlling the lifting of the containing frame.본 발명은 제어부의 제어에 따른 온수공급수단을 통해 소독조 내에 온수를 순환시켜 히터 가열에 따는 국부적인 온도 편차를 없애도록 함은 물론, 소독중 온도의 변화에도 소독조 내부의 온도를 항상 균일하게 유지시킨 상태에서 소독을 할 수 있도록 하고, 소독을 위한 종자가 수납되는 수납프레임을 제어부의 제어에 따라 승강수단을 통해 승강되도록 함으로써, 승강을 용이하도록 함은 물론, 소독 시간이 경과함에 따른 종자의 변형을 방지할 수 있도록 한 종자 소독장치 및 방법에 관한 것이다.상기 목적을 달성하기 위한 본 발명은 종자 소독을 위한 온수가 채워지며, 일 측 하단에 토출구(12)가 형성되는 소독조(10)와; 소독을 위한 종자가 채워지는 포대(1)를 수납하기 위한 박스(13) 및 그 박스(13)를 수납하기 위한 수납프레임(20)과; 상기 소독조(10) 상부에 설치되며, 종자 포대(1)가 수납되는 수납프레임(20)을 상,하부로 승강하는 승강수단과; 상기 소독조(10)와 연결설치되어 소독조(10) 내에 온수를 공급 및 순환하기 위한 온수공급수단과; 상기 소독조(10)와 전기적으로 연결되어 온수공급수단을 통한 온수공급 및 승강수단을 통한 수납프레임(20)의 승강을 자동으로 제어하는 제어부(40);로 이루어진다.