The present invention relates to a method for analyzing intergenic mice exposed to intermittent hypoxia. More particularly, the present invention relates to a method for analyzing intergenic genes in mice, which comprises the steps of: (a) injecting a mouse into an animal test chamber in which hypoxic conditions similar to the flight environment can be formed; (b) forming an intermittently hypoxic condition in the chamber to expose the rat to an intermittent hypoxic environment; (c) obtaining RNA from liver of the rat exposed to said intermittent hypoxic environment; (d) measuring the expression of the gene using the RNA using an NGS device; And (e) obtaining a correlation between a gene, a protein signal system and metabolism from a change in expression of the gene, and a method for analyzing a gene in a mouse exposed to intermittent hypoxia. The present invention can provide a method for gene analysis between rats exposed to intermittent hypoxia which can obtain a correlation between genes, protein signal systems and metabolism from changes in gene expression in rats when exposed to an intermittent hypoxic environment. In addition, the present invention can provide a method of gene analysis between rats exposed to intermittent hypoxia which can be used as basic data on physical and genetic changes occurring in a flying environment and disease progressing through them. 본 발명은 간헐적 저산소에 노출된 쥐 간의 유전자 분석방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 (a) 비행환경과 유사한 저산소 조건이 형성될 수 있는 동물실험용 챔버에 쥐를 투입하는 단계; (b) 상기 챔버에 간헐적으로 저산소 조건을 형성하여 상기 쥐를 간헐적 저산소 환경에 노출시키는 단계; (c) 상기 간헐적 저산소 환경에 노출된 쥐의 간으로부터 RNA를 수득하는 단계; (d) 상기 RNA를 NGS 장치를 이용하여 유전자의 발현변화를 측정하는 단계; 및 (e) 상기 유전자의 발현변화로부터 유전자, 단백질의 신호체계 및 대사의 상관관계를 수득하는 단계를 포함하는 간헐적 저산소에 노출된 쥐 간의 유전자 분석방법에 관한 것이다. 본 발명은 간헐적 저산소 환경에 노출된 경우 쥐 간의 유전자 발현변화로부터 유전자, 단백질의 신호체계 및 대사의 상관관계를 수득할 수 있는 간헐적 저산소에 노출된 쥐 간의 유전자 분석방법을 제공할 수 있다. 또한 본 발명은 비행환경에서 발생하는 신체적, 유전적 변화 및 이를 통해 진행되는 질병에 관한 기초자료로 활용 가능한 간헐적 저산소에 노출된 쥐 간의 유전자 분석방법을 제공할 수 있다.