The present invention discloses the use of insoluble carbon sources to promote the growth of microorganisms to affect both aerobic and anaerobic bio-filtration in addition to producing a protein feed source in situ in aquaculture systems. The microorganisms grow adhered to the substrate by forming some novel bio-structures type named for the present invention as biospheres, which do not accumulate toxic inorganic compounds as the traditional microbial flocs. After reaching its maximum size, the biospheres are detached and represent a source of high protein food for the cultured species, thus minimizing the use of outside food. The conditions necessary for achieving the formation of said biostructures is the use of substrate sources with an insoluble outer membrane, in addition to its location in external bio-filters with narrow channels to ensure a relatively unidirectional flow. The biospheres exhibited excellent bio-filtration quality for controlling the levels of ammonium, nitrites , and nitrates, in addition to not showing any toxic effect on the growth of shrimp L. vannamei.Esta invención describe el uso de fuentes de carbón insolubles para promover el crecimiento de microrganismos para efectuar la biofiltración tanto aerobia como anaerobia además de producir una fuente de alimento proteica in situ en sistemas de acuicultura. Los microrganismos crecen adheridos al sustrato formando un tipo de bioestructuras novedosas que hemos denominados bioesferas, las cuales no acumulan compuestos tóxicos inorgánicos como los flóculos microbianos tradicionales. Después de llegar a su tamaño máximo, las bioesferas se desprenden y representan una fuente de alimento altamente proteico para las especies cultivadas, minimizando el uso de alimento externo. Las condiciones necesarias para lograr obtener la formación de dichas bioestructuras es el uso de fuentes de sustrato con una membrana externa insoluble, además de su localización en biofiltros externos con canales estrechos par
