Breath analysis systems and methods test for infectious diseases in exhaled breath gas or condensate. An automatic breath sampling system can obtain reliable samples over a variety of clinical situations. In some variations, the system is modular system and can protect the equipment and clinician from contamination. In some variations, the system can be a point-of-care rapid-result instrument. In some variations, can be configured for off-line analysis in which case the collected sample is presented to a stand-alone analyzer for measurement.La présente invention concerne des systèmes et des procédés danalyse respiratoire pour tester des maladies infectieuses dans un condensat ou un gaz respiratoire exhalé. Selon linvention, un système déchantillonnage de souffle automatique permet dobtenir des échantillons fiables dans une variété de situations cliniques. Dans certaines variantes, le système est un système modulaire et peut protéger léquipement et le clinicien dune contamination. Dans certaines variantes, ce système peut être un instrument à résultat rapide de point dintervention. Dans certaines variantes, il peut être conçu pour lanalyse hors ligne, léchantillon recueilli étant alors présenté à un analyseur autonome pour la mesure.