本发明公开了检测苹果茎沟病毒和李属坏死环斑病毒的特异性引物、探针及基因芯片。用于检测苹果茎沟病毒的特异性引物对的核苷酸序列为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示,探针的核苷酸序列为SEQ ID No.3所示。用于检测李属坏死环斑病毒的特异性引物对的核苷酸序列为SEQ ID No.4和SEQ ID No.5所示,探针的核苷酸序列为SEQ ID No.6所示。本发明结合RT-PCR检测,用所述探针所制备的两种病毒的基因芯片检测进行了试验,结果显示特异性好、敏感性强、重现性稳定、操作时间短、简单,可广泛应用于苹果茎沟病毒和李属坏死环斑病毒引起的植物病毒病的早期诊断、防治。