本发明提供了一种鉴定芝麻细胞核雄性不育系的分子标记及其鉴定方法,其中所述分子标记为利用Primer Premier 5.0软件设计引物InDel70F和InDel70R,利用所述引物对隐性纯合不育株扩增时,扩增片段长度为140bp、对显性纯合可育株扩增时,扩增片段长度为130bp、对显性杂合可育株扩增时,扩增片段为两条,其中一条的长度为140bp,另一条的长度为130bp,利用此分子标记可以进行芝麻雄性不育辅助选育,缩短转育周期,提高转育效率,可省去转育过程中每代需自交鉴定其不育性的繁琐程序,将传统的表现型选择转化为基因型选择,提高选择的准确性和科学性。同时利用该分子标记在苗期对芝麻雄性不育系进行鉴定不仅可以保证芝麻种子生产的纯度,而且节省劳动力,降低成本,提高工作效率。