本发明公开了一种丹参3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶基因及其编码的蛋白质与用途。丹参3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶基因具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶基因可以通过基因工程技术提高丹参等资源植物中药用活性成分丹参酮的含量,可用于利用转基因技术来提高丹参酮含量的研究和产业化中,有助于促进丹参酮药源严重匮乏问题的解决,具有很好的应用前景。