本发明涉及用于抑制切昆贡亚病毒的RNAi剂。本发明提供特别是通过靶向切昆贡亚病毒的E2基因和nsP1基因或二者来抑制切昆贡亚病毒的RNAi剂;RNAi剂包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:5所示的整个核苷酸序列或其组合;或包含SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:5所示的15个或更多连续的核苷酸或其组合及添加来自E2和nsP1靶基因的连续的区的核苷酸。本发明还提供用于减少切昆贡亚病毒的E2蛋白和nsP1蛋白水平和抑制切昆贡亚病毒复制的RNAi组合物。RNAi剂的组合提供用于治疗切昆贡亚病毒感染的优良的治疗组合物。