本发明公开了棉花黄萎病相关基因GhBONI及其编码蛋白与应用。本发明提供了氨基酸序列为SEQ ID No.1或经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加或具有99%、95%、90%、85%或80%以上同一性且具有相同功能的蛋白质,或其N端和/或C端连接标签后形成的融合蛋白。利用GhBONI基因序列构建VIGS植物表达载体转化陆地棉TM‑1,获得的转基因棉花,在接种棉花黄萎病菌V991后表现出对黄萎病的抗性,说明GhBONI基因及其编码的蛋白可能参与棉花抗黄萎病机制。本发明对培育抗黄萎病转基因棉花具有重要意义。