本发明公开了大豆转录因子GmbHLH664及其编码基因在提高种子蛋白质含量中的应用。本发明提供了GmbHLH664蛋白或其相关生物材料在调控植物种子蛋白含量中的应用;GmbHLH664蛋白为SEQ ID No.1所示蛋白或其经一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加,或序列具有99%以上、95%以上、90%以上、85%以上或者80%以上同源性且具有相同功能的蛋白,或其N端和/或C端连接标签后得到的融合蛋白。实验证明GmbHLH664及其编码基因可以调控植物种子蛋白含量,过表达后提高了植物种子蛋白含量。GmbHLH664基因对改善作物品质,培育高品质品种具有重要的理论和现实意义。