The present invention relates to a method for evaluating synaptic dysfunction using brain tissue transparency, and the method for evaluating synaptic dysfunction according to the present invention includes the step of clearing the brain tissue, and clear three-dimensional neurons by clearing the brain tissue in the above step. Images can be acquired, and synaptic dysfunction can be assessed by effectively analyzing and quantifying the length and distribution of neurons through the Imaris program. In addition, the method for evaluating synaptic dysfunction of the present invention is expected to be useful for screening drugs for preventing or treating neurological diseases by analyzing the spine length and distribution of neurons according to the treatment of drugs in animal models of neurological diseases. do.본 발명은 뇌 조직 투명화를 이용한 시냅스 기능 장애 평가 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 시냅스 기능 장애 평가 방법은 뇌 조직을 투명화 시키는 단계를 포함하며, 상기 단계에서 뇌 조직을 투명화 시킴으로써 뉴런의 선명한 3차원 이미지를 획득할 수 있고, 이마리스(Imaris) 프로그램을 통해 뉴런의 스파인(spine) 길이 및 분포를 효과적으로 분석하고 정량화하여 시냅스 기능 장애를 평가할 수 있다. 또한, 본 발명의 시냅스 기능 장애 평가 방법은 신경계 질환 동물모델에서 약물의 처리에 따른 뉴런의 스파인 길이 및 분포를 분석함으로써, 신경계 질환 예방 또는 치료용 약물을 스크리닝 하는 데 유용하게 이용될 수 있을 것으로 기대된다.