The present invention describes methods, assays, and systems of diagnosing, selecting and treating irritable bowel syndrome (IBS) based on a subject's level of anti-vinculin and anti-CdtB antibodies. IBS can be distinguished from inflammatory bowel (IBD) disease using the methods, assays, and systems described herein.La presente invención describe métodos, ensayos y sistemas para diagnosticar, seleccionar y tratar el síndrome del intestino irritable (IBS) en función del nivel de anticuerpos anti-vinculina y anti-CdtB en un sujeto. El IBS se puede distinguir de la enfermedad inflamatoria intestinal (IBD) utilizando los métodos, ensayos y sistemas que se describen en la presente.