The present invention describes methods, assays, and systems of diagnosing, selecting and treating irritable bowel syndrome (IBS) based on a subject's level of anti-vinculin and anti-CdtB antibodies. IBS can be distinguished from inflammatory bowel (IBD) disease using the methods, assays, and systems described herein.Se describe un método de diagnóstico in vitro o ex vivo para el síndrome del intestino irritable (IBS) que comprende: (a) analizar una muestra biológica obtenida de un paciente para determinar el nivel de anticuerpos anti-vinculina y un nivel de anticuerpos anti-toxina de distensión citoletal (CDT); determinar la diferencia entre el nivel de anticuerpos anti-vinculina y el nivel de anticuerpos anti-CDT; y determinar la presencia del IBS cuando el nivel de anticuerpos anti-vinculina es mayor que el nivel de anticuerpos anti-CDT; y un kit de diagnóstico para el IBS que comprende uno o más ensayos para detectar el nivel de anticuerpos anti-vinculina y el nivel de anticuerpos anti-CDT para diagnosticar el IBS.