Provided are a processor device, an endoscope system, and an operation method of the processor device that can support photographing of an image defined by a guideline. In order to obtain a reference equivalent image corresponding to a reference image predetermined for each inspection area, the inspection area is imaged to acquire an inspection image. A reference image selection unit selects a reference image corresponding to the inspection image from a reference image storage unit that stores the reference image. A similarity calculation unit calculates a similarity between the reference image selected by the reference image selection unit and the inspection image from the image data of the reference image selected by the reference image selection unit and the image data of the inspection image.ガイドラインで定められた画像の撮影を支援することができるプロセッサ装置、内視鏡システム及びプロセッサ装置の作動方法を提供する。 検査領域毎に予め定められた基準画像に相当する基準相当画像を得るために検査領域を撮像して検査画像を取得する。基準画像選択部が、基準画像を記憶する基準画像記憶部から、検査画像に対応する基準画像を選択する。類似度算出部が、基準画像選択部で選択された基準画像の画像データと検査画像の画像データから、基準画像選択部で選択された基準画像と検査画像との類似度を算出する。