The present application provides compositions, such as formulations used for the treatment of the stomach, gastrointestinal and/or colon, and their preparation, storage, including storage such as long-term storage at ambient temperature. And a method of use. The compositions provided herein are for the treatment of various diseases or conditions such as autism spectrum disorders, Crohn's disease, ulcerative colitis, irritable bowel syndrome, and recurrent or primary Clostridium difficile infection. It is useful. A pharmaceutical composition comprising a stool microbiota preparation as a lyophilized formulation (or "lyophilized formulation"), wherein the stool microbiota preparation is preserved after storage at ambient temperature for at least 12 weeks. Provided herein are pharmaceutical compositions capable of maintaining at least 60% cell viability as compared to initial cell viability. [Selection diagram] None【課題】本出願は、組成物、例えば、胃、胃腸、及び/又は結腸の処置のために使用される製剤、並びに周囲温度での、長期保存等の保存を含む、これらを調製、保存、及び使用する方法を提供する。本明細書において提供される組成物は、自閉症スペクトラム障害、クローン病、潰瘍性結腸炎、過敏性腸症候群、及び再発性又は一次クロストリジウム・ディフィシル感染症等の種々の疾患又は状態の処置に有用である。【解決手段】凍結乾燥処方(又は「凍結乾燥製剤」)としての便微生物叢調製物を含む医薬組成物であって、周囲温度以下で少なくとも12週間の保存後、便微生物叢調製物が、保存開始時の最初の細胞生存率と比較して少なくとも60%の細胞生存率を維持することが可能である医薬組成物が本明細書において提供される。【選択図】なし