本发明公开了月见草△6-脂肪酸脱饱和酶基因ObD6D2及其重组表达载体和应用,ObD6D2的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,具有△6-脂肪酸脱饱和酶活性,能够催化亚油酸形成γ-亚麻酸(GLA),也能够催化α-亚麻酸(ALA)形成十八碳四烯酸(SDA),将ObD6D2正义转入月见草以后,转基因月见草种子中GLA和SDA含量大幅提高;转入甘蓝型油菜以后,转基因油菜种子中积累了非转基因油菜种子所不具有的GLA和SDA;表明利用ObD6D2基因家族能够创造新资源材料,并用于工业提取GLA和SDA,或直接用于生产富含GLA和SDA的保健型食用油。